62. izolace a analýza nukleových kyselin
Izolace DNA
Pro analýzu DNA je ve většině případů nezbytné získat tuto
nukleovou kyselinu v dostatečně vysoké čistotě. Dříve používaná metoda
založená na organických rozpouštědlech (fenol-chloroformová extrakce) je dnes
již standardně nahrazována izolací pomocí silikátových kolonek, která
nevystavuje DNA tak drastickým podmínkám (nepoužívá organická rozpouštědla),
umožňuje velmi snadné a rychlé získání DNA ve vysoké čistotě a dík masovému
rozšíření je i levná.
Většina protokolů
pro izolaci DNA se skládá z několika společných kroků: rozrušení a
odstranění buněčných membrán (detergenty – Nonidet P-40, Triton X100).
Odstranění proteinů (vysrážení, degradace proteinázou K). Odstranění RNA
(RNáza, fázové oddělení). Rozpuštění/eluce izolované DNA (voda, TE pufr – Tris
+ EDTA).
Fenol-chloroformové
extrakce – jak již bylo uvedeno výše, je tato metoda založena na izolaci
pomocí organických rozpouštědel. Extrakce je založena na zmíněných obecných principech
a probíhá ve zkratce takto:
Buňky
jsou nejdříve lyzovány pomocí detergentu. Buněčný lyzát je posléze promíchán se
směsí fenol-chloroform. Zde je naprosto nezbytné použít pufrovaný fenol o mírně
alkalickém pH (7-8). V kyselém pH by totiž DNA přešla do organické fáze a
extrakce by byla neúspěšná. Vodná fáze se opatrně odsaje tak, aby se nezvířila
ani vrstvička proteinů na rozhraní. Rozpuštěná DNA se následně vysráží
v etanolu, opláchne v 70 % etanolu a rozpustí ve vodě či TE pufru.
Izolace pomocí
silikátových kolon – izolace DNA pomocí silikátových kolon je dnes patrně
nejrozšířenějším způsobem izolace nukleových kyselin. Metoda je založená na
schopnosti DNA se díky negativnímu náboji na fosfátových skupinách vázat
v přítomnosti chaotropní soli (schopnyvytvářet vazby zároveň se záporně
nabitým sklem i záporně nabitou DNA) na silikátovou náplň kolon. Izolace
probíhá v několika krocích, kdy jsou do kolony aplikovány buněčný lyzát a
oplachovací, resp. lyzační pufry, které jsou následně pomocí centrifugace či
vakuem protlačeny kolonou.
Lýza
buněk pomocí detergentu. Odstranění proteinů pomocí proteinázy K. navázání DNA
na silikátovou náplň kolony – v přítomnosti chaotropní soli dojde
k odstranění vodného obalu a DNA se přes kationty váže na záporně nabité
silikátové skupiny. Oplach navázané DNA -
v přítomnosti vysoké koncentrace soli zůstane DNA navázána na
kolonu a ostatní molekuly se odstraní při oplachu. Eluce navázané DNA –
v přítomnosti nízké koncentrace soli (voda či TE pufr) dojde
k uvolnění navázané DNA.
Využití izolované
DNA (RNA) v klinické praxi – takto izolovanou DNA (RNA) je následně
možné využít pro řadu aplikací, jako je např.: stanovení rizika onemocnění,
stanovení či upřesnění diagnózy, stanovení prognózy a stavu onemocnění,
forenzní účely (určení oběti, identifikace pachatele, …), stanovení paternity i
celých rodokmenů, detekce patogenů.
Amplifikace DNA
Amplifikace
DNA v buňkách
– Pro detekci a analýzu DNA většinou dnes
dostupných metod je zapotřebí velkého množství kopií. Počet molekul běžně
dostupných pro analýzu je však většinou příliš malý a je tedy zapotřebí provést
jejich zmnožení. Jednou z možností je zmnožení pomocí hostitelských buněk,
ve kterých je tato DNA amplifikována. Pro tyto účely jsou často využívány
bakterie Escherichia coli, do kterých je DNA vložena v podobě
extrachromozomální DNA, tzv. plazmidu. Plazmid je malá
kruhová molekula DNA schopná reprodukce, která se vyskytuje v cytoplazmě
hostitelské buňky často ve větším počtu kopií. Aby plazmid mohl plnit svoji
funkci, musí obsahovat několik základních oblastí, které mu to umožní. Pro
vytvoření kopií sama sebe musí obsahovat počáteční místo replikace (tzv. ori),
pro možnost selekce buněk s plazmidem (např. při využití
v molekulárním klonování) musí obsahovat znak, který umožňuje selekci
buněk obsahujících plazmid (např. rezistenci na antibiotika) a většinou obsahuje
i místo pro rozštěpení pomocí řady restrikčních endonukleáz pro sekvenčně
specifické vložení DNA (tzv. polylinker). Amplifikace DNA
v prokaryotním organizmu je poměrně rychlá (byť mnohem pomalejší něž při
využití PCR), ale v určitých případech je zapotřebí amplifikovat delší
úseky DNA, popř. amplifikovat DNA v podmínkách eukaryotních buněk (např.
kvůli specifické metylaci DNA v eukaryotech, atd.). V těcho případech
lze využít i eukaryotické tkáňové kultury.
Polymerázová
řetězová reakce (PCR) – v roce 1983, kdy byla polymerázová řetězová
reakce (PCR) poprvé použity, znamenala velký průlom v metodách molekulární
genetiky a diagnostiky a její objevitel Kary Mullis získal za tento objev o
deset let později Nobelovu cenu. Samotná metoda
umožňuje geometrickou amplifikaci specifického úseku DNA ve velmi krátkém čase
(desítky minut až hodiny). Kromě vysoké rychlosti patří mezi výhody PCR i její
vysoká citlivost (pro vznik dostatečného počtu kopií pro analýzu stačí
pouze několik molekul původní DNA) a s určitými modifikacemi umožňuje
použít jako zdrojový materiál i RNA, což lze využít pro stanovení míry
transkripce vybraných genů (viz dále v textu). Její provedení je však
velmi náročné na čistotu prostředí, neboť každá případná molekula kontaminace
může být v průběhu reakce amplifikována do obrovského počtu kopií a
příprava PCR tedy vyžaduje zkušený personál.
Amplifikace
DNA pomocí PCR – Pro amplifikaci pomocí PCR musí být vybraná oblast DNA
ohraničena známými sekvencemi, ke kterým je možné navrhnout krátké úseky
jednořetězcové DNA, tzv. primery. DNA polymeráza totiž neumožňuje syntézu
nového řetězce podle jednovláknové DNA, která vznikla po denaturaci
původní DNA (templátu), ale vyžaduje alespoň krátký úsek dvouřetězcový, který
může prodloužit. Po denaturaci DNA pomocí zvýšení teploty na 95 °C a následné
změně podmínek (snížení teploty), kdy dojde k opětovnému tvoření
dvouvláknové DNA, nasedají primery, které jsou v reakční směsi
v nadbytku, na komplementární sekvence amplifikované DNA a vytvářejí
krátké dvouvláknové úseky, které umožní nasednutí polymerázy a následné
prodloužení DNA. Vzhledem k tomu, že používané polymerázy jsou stabilní i
při vysokých teplotách, je možné reakci řídit prostou cyklickou změnou teplot.
Opakováním těchto kroků v přístrojích zvaných termocyklery se sledovaná
DNA geometricky množí a po 30 cyklech můžeme získat teoreticky až miliardu
kopií DNA z jediné původní molekuly.
PCR
v reálném čase – Dalším pokrokem ve využití PCR byl objev tzv. PCR
v reálném čase, která umožňuje stanovení počtu vznikajících kopií DNA
v průběhu samotné PCR a ne až na jejím konci, jak tomu bylo dříve. Detekce
v reálném čase je dosaženo pomocí měření fluorescence specifických či
nespecifických barviv v průběhu PCR. Nespecifická barviva se
váží na dvoušroubovicovou DNA, v komplexu se kterou fluoreskují
podobně jako ethidium bromid v případě barvení DNA
v elektroforetickém gelu (viz. Obr. 2.2). Etidium bromid se však příliš
neosvědčil a pro PCR v reálném čase se využívají jiné barvy, jako např.
SYBR Green I. Tento přístup je však velmi citlivý na vznik nespecifických
produktů PCR, které mohou vzniknout při nasednutí primerů na podobné sekvence
DNA či vzniku dimerů primerů. Tento problém
vyřešil až příchod sekvenčně specifických sond, jako jsou např.
tzv. TaqMan sondy. TaqMan sondy jsou specifické oligonukleotidy komplementární
k DNA mezi sekvencemi PCR primerů, které obsahují na 5‘ konci
fluorescenční značku (fluorofor) a na 3‘ konci zhášeč. Zhášeč zabraňuje emisi
fluorescenčního záření fluoroforu po jeho předchozí excitaci a sonda tedy není
schopna v tomto neporušeném stavu fluoreskovat. V případě, že sonda
nasedne v průběhu PCR do amplifikované oblasti, je DNA polymerázou, která
má 5‘ – 3‘ exonukleázovou aktivitou, rozštěpena (hydrolyzována). Tím se
zhášeč vzdálí od fluoroforu a dochází k emisi fluorescenčního signálu.
Stoupající intenzita tohoto signálu, měřená v reálném čase, je přímo
úměrná zvyšujícímu se množství amplifikované DNA. Specifických sond je více
druhů. Jsou to např. tzv. molekulární majáky (molecular beacons), kdy je zhášeč
držen v blízkosti fluoroforu pomocí vlásenkové struktury sondy nenavázané
na produkt PCR reakce. Vznik vlásenkové struktury je umožněn díky komplementárním
sekvencím na obou koncích sondy. V případě, že se sonda naváže na
amplifikovanou DNA, dojde k narušení vlásenky, zhášeč se oddálí od
fluoroforu a ten může po excitaci vyzářit signál. Další možností je použití
páru hybridizačních sond, které nasedají vedle sebe v amplifikované
oblasti. Jedna sonda obsahuje excitační část fluorescenční barvy a druhá část
emisní. V případě, že obě sondy nasednou na cílovou sekvenci, obě části se
k sobě přiblíží a po excitaci jedné části dojde pomocí přenosu rezonanční
energie na druhou část k vyzáření fluorescenčního signálu, jehož intenzita
odpovídá počtu sond, které nasedly vedle sebe na amplifikovanou molekulu DNA.
Kvantitativní
PCR v reálném čase – Významné rozšíření možností PCR způsobilo její
zkombinování s v té době již známou reverzní transkriptázou, za jejíž
objev získal v roce 1975 Nobelovu cenu David Baltimore. Reverzní
transkriptáza je RNA-dependentní DNA polymeráza, tedy enzym, který provádí
obrácený proces, než který se odehrává při transkripci. Reverzní transkriptáza
umožňuje přepsat poměrně nestabilní molekuly RNA, které jsou velmi snadno
štěpené pomocí všudypřítomných RNáz (proto je s RNA nutné pracovat velmi
opatrně a při teplotách 4 °C), na molekuly mnohem stabilnější komplementární
DNA (cDNA), které je možné dále analyzovat. Nejčastěji pomocí kvantifikační PCR
v reálném čase. Kvantitativní PCR v reálném čase je založena na
faktu, že při vyšším počtu kopií původní DNA (resp. cDNA) v měřeném
materiálu dosáhne fluorescence stejné intenzity (počet produktů PCR dosáhne
stejného počtu) ve všech vzorcích po méně cyklech PCR, než při nižším počtu
kopií. Optimální míra intenzity, tzv. fluorescenční práh lze v software
pro analýzu PCR nastavit buď ručně nebo automaticky pomocí algoritmů výrobce.
Při vytvoření vhodné kalibrační přímky lze vyčíst podle bodu křížení, což je
číslo cyklu, při kterém křivka narůstající fluorescence protla fluorescenční
práh, spočítat přesný počet kopií dané DNA ve vzorku. Tento typ kvantifikace se
proto nazývá absolutní. Vzhledem k tomu, že materiálu není ve
všech vzorcích vždy stejně, používá se často kvantifikace relativní,
kdy výsledkem není přesný počet kopií, ale exprese vztažená na hodnotu exprese
známého genu, který je ve všech buňkách exprimovaný stejně a zajistí tak
normalizaci napříč všemi analyzovanými vzorky. Mezi takovéto často používané
geny patří např. GAPDH, aktin, B2M, HPRT1. Relativní exprese může být počítána
jako poměr individuálně změřené absolutní exprese studovaného i
udržovacího genu, což však vyžaduje vytvoření kalibračních přímek pro oba geny
v každé sadě reakcí. Velmi rozšířenou metodou relativní kvantifikace je proto
metoda delta delta Ct. Tato metoda založená na porovnání exprese sledovaného
genu ve studovaném vzorku a v referenčním vzorku (např. před léčbou nebo
standardu o známém počtu kopií) z čísel bodů křížení křivek a
fluorescenčních prahů. Metoda však předpokládá, že účinnost všech reakcí je
rovna (nebo alespoň blízká) 100 %, což vyžaduje důkladnou optimalizaci
kvantifikačních reakcí. Díky kvantitativní PCR v reálném čase lze měřit
míru transkripce genů s vysokým dynamickým rozsahem až deseti řádů. Při
použití analýzy intenzity fluorescence produktů na elektroforetickém gelu po
skončení klasické PCR je možné dosáhnout rozsahu pouze několika řádů a to pouze
za předpokladu, že je analýza provedena opravdu v oblasti exponenciálního
průběhu PCR a ne již ve fázi plateau, kdy se množství produktu dále nemění.
Detekce
mutací - PCR v reálném čase také umožňuje sledovat přítomnost známých
mutací bez nutnosti otevřít reakční zkumavku, což snižuje riziko kontaminace
laboratoře produkty reakce a časovou náročnost celého procesu. Systém může být
založen na detekci pomocí hydrolyzačních sond, jako v případě kvantifikace
pomocí PCR v reálném čase. Systém pak obsahuje 2 sondy, z nichž každá
je komplementární k jiné alele (1. k divoké a 2. k mutované) a
je značená jiným fluoroforem (např. sonda komplementární k divoké alele
fluoroforem vyzařujícím zelené a k mutované žluté světlo). Nárůst signálu
jedné (homozygoti), resp. obou barev (heterozygot) je detekována přímo
v průběhu amplifikace. Na odlišném principu
je založena metoda detekce pomocí hybridizačních sond. Pár sond leží opět vedle
sebe na DNA produktu PCR reakce, jak bylo popsáno v části pojednávající
obecně o PCR v reálném čase. Místo možné mutace je umístěno pod jednou
z páru sond, která je plně komplementární k divoké alele. Po
amplifikaci pomocí PCR se vzorek ochladí na dostatečně nízkou teplotu, aby obě
sondy nasedly na PCR produkt bez ohledu na přítomnost či nepřítomnost mutace a
při ozáření tak došlo k maximální fluorescenci. Reakční zkumavka se
postupně zahřívá a průběžně se měří míra fluorescence. V případě, že
všechna DNA obsahuje mutaci (pacient je mutovaný homozygot), dojde při určité
teplotě k uvolnění ne plně komplementární sondy, což je zaznamenáno, jako
pokles fluortescence. Jestliže je pacient heterozygotní, uvolní se polovina
sond při této teplotě a druhá polovina až při teplotě vyšší, neboť plně
komplementární DNA potřebuje k denaturaci více energie. U homozygota
v divoké alele pak dojde k jednorázovému poklesu fluorescence při
vyšší teplotě.
Digitální
PCR – Další metodou, založenou na amplifikaci DNA pomocí PCR, je tzv.
digitální PCR. Tato metoda je založená na rozdělení vzorku pro běžnou PCR do
spousty malých reakcí. Podle výsledné pozitivity (1) nebo negativity (0)
dílčích reakcí je možné určit absolutní množství sledované molekuly v původním
templátu bez kalibrační křivky, popř. detekovat i molekuly zastoupené v
původním vzorku ve velmi malé koncentraci (somatické mutace, změny exprese
onkogenů, kvantifikace patogenů atd.). Rozdělení na malé reakce je možné
dosáhnout dvěma způsoby. Reakce je možné provádět na čipu, na kterém je reakční
směs rozdělena do velkého počtu miniaturních komůrek nebo je směs rozdělena v
emulzi s olejem, ve kterém se vytvoří malé kapičky reakční směsi, ve kterých
PCR probíhá.V obou případech se provede klasická PCR. Na základě měření
fluorescence nespecifických či specifických fluorescenčních sond je následně v
jednotlivých komůrkách či kapénkách stanoveno, zda reakce proběhla či nikoli.
Ze získaných výsledků je možné pomocí Poissonova rozdělení (které zohledňuje i
fakt, že v některých pozitivních komůrkách či kapénkách byla víc než právě
jedna molekula) vypočítat, kolik templátových molekul se v původním vzorku
vyskytovalo.
PCR v klinické
praxi - Samotná PCR slouží pouze k amplifikaci specifického úseku DNA,
který může být následně analyzován za účelem odhalení mutací či polymorfizmů
relevantních ke studovanému onemocnění. Toho je možné dosáhnout buď sekvenací
DNA (jako v případě např. neznámých mutací ve vybrané části genomu) či
analýzou známých mutovaných míst např. pomocí délky restrikčních fragmentů.
Díky PCR v reálném čase je navíc možné detekovat, jak moc je který gen
v buňkách transkribován, popř. lze zrychlit a zjednodušit hledání mutací
či polymorfizmů sloučením analýzy se samotnou PCR. Přítomnost mutací či
polymorfizmů navíc může vést ke změně prognózy onemocnění pacienta či může
významně ovlivnit jeho reakci na předepsanou léčbu (včetně rezistence). PCR
však může být použita i pro hledání DNA, která se běžně v lidských buňkách
nevyskytuje, jako je např. DNA patogenů nebo specifických přestaveb vedoucích
k některým maligním onemocněním, popř. ovlivňujících jejich průběh, čímž
umožňuje zároveň velmi citlivě detekovat přítomnost maligních buněk ve vzorku,
což může vést k časnějšímu záchytu relapsů onemocnění s vyšší šancí
na úspěšnou léčbu.
Analýza DNA
Gelová
elektroforéza – základní metodou analýzy nukleových kyselin je gelová
elektroforéza, která umožňuje rozdělit fragmenty DNA, resp. RNA podle jejich
velikosti. Analyzované nukleové kyseliny jsou po nanesení na gel přitahovány
pomocí elektrického pole ke kladné elektrodě, neboť fosfátové skupiny
v řetězci nukleových kyselin dávají těmto molekulám záporný náboj. Velké
molekuly obtížněji prostupují póry v polymerní struktuře gelu a jejich
posun je tudíž pomalejší. Pro rozdělení středně velkých fragmentů se nejčastěji
používá agarózových gelů, které lze v laboratorních podmínkách velmi
snadno připravit a se kterými se velmi snadno manipuluje. V případě
potřeby rozdělení menších fragmentů lze použít polyakrylamidový gel, který má
zároveň mnohem vyšší rozlišovací schopnost a lze v něm odlišit i fragmenty
lišící se v délce o pouhou jednu bázi. Jejich příprava je však náročnější
a manipulace s nimi obtížnější. Molekuly nukleových kyselin je možné
následně obarvit pomocí nespecifických fluorescenčních barviv a vizualizovat.
Nejčastěji používanou barvou je ethidium bromid, který byl původně vyvinut jako
léčivo proti trypanosomovým infekcím, a který se díky své planární struktuře velmi
dobře vmezeřuje mezi báze nukleových kyselin. V případě záření takto
obarvené DNA pomocí UV (254 nm) dojde k absorpci energie bazí, předání
energie barvivu a vyzáření v oblasti červeno-oranžové části spektra (590
nm). Takto obarvenou DNA pak lze pozorovat velmi snadno pod UV lampou.
Southern blotting
– fragmenty nukleových kyselin jsou o gelové elektroforéze zachyceny uvnitř
polymerní struktury často křehkých gelů a specifická detekce fragmentů je tak
velmi obtížná. Významnou změnu přinesl objev tzv. blottingu, který umožnil
přenos molekul na membránu, která je mnohem pevnější a molekuly DNA jsou
přichyceny na jejím povrchu. Northern blotting (RNA), western blotting
(proteiny). Přenos z gelu na membránu lze provést několika způsoby. Mezi
nejčastěji používané patří přenos v elektrickém poli (kdy je DNA
z gelu na membránu přenesena kolmým působením elektrického pole na gel)
nebo pomocí tzv. kapilárního přenosu. Při kapilárním přenosu je DNA z gelu
přenášena pomocí kapaliny z vlhkého filtračního papíru ponořeného do
pufru, která přes gel a membránu proudí do suchých filtračních papírů
umístěných nad membránou. Tímto způsobem lze během krátké doby přenést malé
fragmenty DNA. Větší fragmenty vyžadují delší čas, který se může pohybovat i
v řádech desítek hodin a ani tak není metoda nikdy 100 % účinná, protože i
samotný gel je v průběhu tohoto procesu dehydratován a postupně se mění
v hustou substanci, ze které se další fragmenty DNA již nemohou uvolnit.
DNA zachycenou na membráně lze pak detekovat pomocí specifických sond, jako
jsou např. radioaktivně označené specifické fragmenty DNA komplementární
k hledané sekvenci, které lze detekovat pomocí rentgenových filmů
vykazujících přítomnost signálu (zčernání) v oblasti, kde se nacházela DNA
komplementární k sondě, popř. pomocí jiných metod, např.
chemiluminiscence.
Restrikční
endonukleázy – enzymy schopné štěpit DNA v určitých, sekvenčně
specifických, oblastech. Původně byly objeveny jako enzymy chránící bakteriální
DNA před DNA cizorodou (zejména bekteriofágů), neboť vlastní DNA byla před
štěpením chráněna další modifikací (zejména metylací) a jakákoli cizorodá DNA
bez modifikace byla tímto enzymem rozštěpena. V dnešní době je již známa
celá řada endonukleáz, které štěpí velkou řadu různých sekvencí, které jsou
zpravidla identické při čtení z obou stran komplementárních řetězců (tzv.
palindromy). Sekvenčně specifické štěpení za vzniku tupých či kohezivních konců
je možné použít nejen při hledání známých specifických mutací, ale hojně se
využívá i v metodách molekulárního klonování pro tvorbu specifických DNA
konstruktů. Tzv. tupé konce mají oba řetězce zakončené ve stejném místě a
vzniklé fragmenty DNA tak nemají žádný jednořetězcový přesah. Takovéto konce je
možné spolu spojovat nespecificky (HpaI). Druhá skupina restrikčních
endonukleáz vytváří tzv. kohezivní konce, kdy vznikají jednovláknové přesahy
(EcoRI, HindIII, PstI). Takové fragmenty je možné spojovat pouze
s fragmenty s komplementárním přesahem (nejčastěji vzniklých štěpením
jiné molekuly pomocí stejné endonukleázy).
DNA chipy
(microarrays) – potřeba vysokého počtu analýz v co nejkratším čase
vedla ke vzniku technologie DNA chipů, tzv. microarrays. Technologie je
založena na hybridizaci analyzované DNA a synteticky připravených sond na
základě jejich komplementarity. Sondy jsou imobilizované na nějaké matrici
(např. sklo) do bodů, z nichž každý odpovídá nějaké analyzované sekvenci a
díky jeho přesně známé pozici je možné analyzovat, zda došlo či nedošlo (popř.
s jakou intenzitou) k nachytání komplementární analyzované DNA.
Současné technologie umožňují používat již tak malé body, že jich lze vtěsnat
statisíce na jedno podložní mikroskopovací sklíčko a při jedné reakci tak lze
provést obrovské množství analýz. V dnešní době lze tuto technologii
využít pro celou řadu aplikací, jako jsou např. měření změny exprese genů
v různých typech buněk, detekce ztrát či amplifikací genomové DNA,
sledování epigenetických změn genomu či hromadné detekce jednonukleotidových
polymorfismů (SNP).
Expresní
arraye
– patrně nejznámější variantou jsou tzv. expresní arraye, které umožní naráz
stanovit změnu exprese stovek až tisíců genů. RNA ze sledované tkáně je
nejdříve přepsána do cDNA a následně fluorescenčně označena (např. zeleně).
Kontrolní RNA (např. ze zdravé tkáně) je též přepsána a obarvena jinou barvou
(např. červeně). Směs obou cDNA je pak aplikována na expresní chip, který
obsahuje přichycené sondy odpovídající sledovaným genům. cDNA komplementární se
sondami se tak přichytí k matrici a místa se zachycenou cDNA po excitaci
fluoreskují. Zbylá nepřichycená cDNA je opláchnuta a změnu exprese ve
sledovaném vzorku oproti kontrolnímu je možné detekovat jako barvu jednotlivých
bodů. V případě stejné exprese v obou vzorcích žlutě nebo do červena
či zelena podle převažující exprese v jednom ze vzorků.
Komparativní
genomová hybridizace
– metoda, která umožňuje zjistit, zda nedošlo ke zvýšení či naopak snížení
počtu kopií genetického materiálu ve vybraných (např. nádorových) buňkách. Jako
materiál, který je obarven a následně hybridizován je použita genomová DNA ze
sledovaných buněk a referenčních buněk. DNA chip pak obsahuje sondy
z mnoha různých oblastí jednotlivých chromozomů a výsledná barva po
hybridizaci směsi obarvených DNA ukazuje, zda byla ve sledovaných buňkách
některá část genomu zmnožena (např. trizomie či mikroduplikace) nebo naopak
chyběla (delece celého chromozomu nebo jeho části). Ze své podstaty není tato
metoda pochopitelně schopna detekovat vyvážené translokace, kdy dojde
k výměně částí chromozomů mezi sebou a nedojde k žádnému zmnožení či
naopak ztrátě genetického materiálu.
Žádné komentáře:
Okomentovat